Une jeune fille, pourchassée par plusieurs hommes, rencontre une équipe assez spéciale dont les membres sont dotés de pouvoirs étranges. Ces gens l’aide à échapper à ses poursuivants et se présentent à elle comme faisant partis d’un groupe appelé « Mutant X », l’invitant à les y rejoindre pour apprendre à développer le pouvoir qu’elle même possède, sous la houlette d’Adam.
Emma deLauro est poursuit par des hommes inconnus. Elle se réfugie dans un night-club où elle se heurte à un jeune homme, Brennan Mulwray. A l’instant où leurs regards se croisent ce dernier reçoit des images de Emma terrifiée. Avant qu’il n’ait pu dire quoi que ce soit elle disparaît.
Dans la rue, Emma est sauvée grâce à l’intervention de Jesse Kilmartin qui fait un bouclier contre les balles de son corps. D’autres agents sortent d’une voiture pour aider leurs comparses mais ils se retrouvent nez à nez avec Shalimar Fox qui les envoie au tapis.
Affolée par ce qu’elle vient de voir Emma s’enfuit et s’immobilise devant Adam qui lui bloque la route. Puis il lui explique gentiment qu’il est là pour l’aider et avec Shalimar et Jesse ils s’envolent vers un lieu dissimulé au cœur des Monts Stormking appelé le Sanctuaire.
Dans ce lieu où se mêlent haute technologie et jardin naturel, Adam informe Emma qu’elle est une “enfant de Génome X” une société de biotechnologie ayant crée des mutants dotés de pouvoirs extraordinaire. Les hommes à sa poursuite la recherchent pour son don “télé-emphatique” qui lui permet de ressentir et d’influencer les sentiments des gens.
Le lendemain Mason Eckhart prend la direction de Génome X après avoir fait tuer le Professeur Breedlove qui s’apprêtait à tout révéler à la presse au sujet des mutants.
Pendant ce temps Brennan utilise ses facultés à générer de l’électricité pour commettre un vol avec deux complices.
Emma qui nie posséder des pouvoirs, se voit toutefois contraint de se cacher. Après avoir reçu une nouvelle identité, Alison, une autre mutante la conduit à la marina où elle devra prendre un bateau pour quitter la ville. Cependant Emma n’est pas décidé à partir et elle utilise ses pouvoirs sur Alison afin d’échapper à sa vigilance.
Eckhart qui a désormais les pleins pouvoirs à Génome X instaure une Agence de Sécurité Génétique, qui sera chargée de récupérer les “anomalies génétiques” crée par Breedlove.
Pendant ce temps Shalimar retrouve la trace d’Emma qui est retournée au club où elle avait rencontré Brennan. Celui-ci s’y trouvant également, ils discutent ensemble de leurs facultés. Cependant Thorne un mutant à la botte d’Eckhart, arrive et tente de s’emparer de Brennan et d’Emma qui s’enfuient.
Poursuivis par Thorne et ses agents ils sont aidés par Shalimar et Jesse. Une bagarre s’en suit et ce n’est qu’avec l’arrivée d’Adam que Thorne et ses hommes battent en retraite, emmenant avec eux Brennan.